Căn cứ vào cả nguồn năng lượng và thức ăn, người ta chia vi sinh vật thành những loại nào?
Vi sinh vật quang tự dưỡng: Sử dụng ánh sáng mặt trời làm nguồn năng lượng và CO2 làm nguồn Cacbon duy nhất (Ví dụ: vi khuẩn lam, tảo đơn bào).
Vi sinh vật quang dị dưỡng: Sử dụng năng lượng ánh sáng mặt trời làm nguồn năng lượng và các chất hữu cơ làm nguồn Cacbon (Ví dụ: vi khuẩn màu lục hoặc màu tía không chứa lưu huỳnh).
Vi sinh vật hoá tự dưỡng: Ôxi hoá hợp chất vô cơ đơn giản để thu năng lượng và dùng CO2 làm nguồn Cacbon (Ví dụ: vi khuẩn Ôxi hoá Hiđrô).
Vi sinh vật hoá dị dưỡng: Sử dụng chất hữu cơ vừa làm nguồn năng lượng vừa làm nguồn Cacbon (Ví dụ: nấm mốc, động vật nguyên sinh và phần lớn vi khuẩn không quang hợp).