Bậc 1: Các đơn phân acid amin của protein liên kết với nhau bằng liên kết peptit loại một nước, tạo thành chuỗi polipeptit mạch thẳng.
Bậc 2: Cấu trúc bậc 2 là cấu trúc vòng xoắn lò xo đều đặn hoặc gấp nếp beta, các nếp gấp và vòng xoắn được cố định bởi các liên kết hidro giữa các acid amin gần nhau.
Bậc 3: Chuỗi xoắn cuộn xếp tạo thành cấu trúc đặc thù trong không gian 3 chiều, tạo nên tính đặc trưng cho từng loại protein bằng các liên kết đisunfua, liên kết ion, vander_van… tăng tính bền vững của phân tử protein
Bậc 4: 2 hay nhiều chuỗi cuộn xếp bậc 3 liên kết với nhau tạo thành phần phân tử protein hoàn chỉnh, có cấu hình không gian đặc trưng cho từng loại protein, giúp nó thực hiện được chức năng hoàn chỉnh.